縣政府教育處表示，為使家長更了解大學區概念，先行採漸進式試辦（得依試辦情形修正調整），以同一行政區域為共同就學區；馬公市則區分為馬公市區及澎南地區，其餘各鄉均各為同一就學區。在未滿額下，同一就學區得自由選擇就讀學校毋需遷戶籍。惟滿額情形下，仍以原學區為優先，如仍無法區分，則以總量管制相關規定次序辦理，仍超額者則轉介至共同學區之其他學校就讀。
在縣政府教育處通盤規劃下，並與學校開會聽取意見、調查學校現有教室可容納數量、及對各學校舉辦實施大學區說明會。於113年12月16日以府國教字第1130926667號函及公告，函知本縣各國中小學校、各鄉市公所及戶政單位協助公告宣導周知，澎湖縣自114學年度實施大學區制，以提升教育資源能妥善運用。