澎湖機場為了防止租車行長期占用機車位，加上使用者付費原則，機車停車場自去年9月24日起公告機車停車場採辨識系統進出，到年底前都是試營運階段，暫停收費，從今年1月1日起，前30分鐘免費，超過30分鐘者，採每天、每次收費20元。
使用者付費新制上路以來，亂象叢生，雖然現場有派專人在旁指導操作，但民眾繳費還是等了20幾分鐘，如果沒人指導，估計要2倍時間。另外排隊人潮會一直阻擋到車輛通行，停比較遠的，還會把車騎先到旁邊停，流程顯得混亂又不便，同時繳費方式只收現金跟悠遊卡、一卡通，其他支付方式都沒有，最多還只能收100元。飛機下來人都整批的，只有一台繳費機。
針對民意怨聲載道，澎湖航空站從善如流，要求廠商，將地下停車場繳費機移往地面停車場，並增加人工收費亭，多點收費希望紓解繳費人潮。