為保育澎湖南方四島國家公園海洋生物多樣性，透過分區管理使珊瑚礁生態及自然資源得以永續利用，海管處透過海域巡查取締違規漁業行為，並運用空拍機輔助執法，提高查緝能量。海管處表示，一旦接獲通報，只要在海況條件許可下，就偕同國家公園警察出動巡查，取締不法，即便在深夜也盡速趕往現場。在多變的海域環境進行查緝並不容易，需快速且明確掌握違規人或船隻、違規行為及GPS座標定位，留存足夠的證據資料，並進行勸導。
海管處指出，國家公園生態保育工作需要跨單位合作，除熱心的漁民及團體協助舉報外，更要結合海巡署及澎湖縣政府力量，共同完成取締裁處的工作。以底刺網為例，此舉違反「漁業法」規定，巡查人員除依法沒入漁具並進行勸導，後續移送漁業主管機關澎湖縣政府農漁局卓處；海巡署岸巡隊及安檢所，加強對娛樂漁業漁船、遊艇、自用小船及載客小船的宣導。國家公園的生態環境是國人共有的寶藏，未來海管處也會持續結合民間及跨單位行政力量守護海洋。