新修正的財劃法規定，一般統籌分配款項2.5%將依權數分配予離島三縣市，分配權數包括營利事業營業額(30%)、財產稅(10%)、非稅課收入占自籌財源比例(5%)、土地面積(10%)及人口指標(45%)。然而，此分配方式存在重大缺失，完全忽視了離島地區的海域治理及生態保育等特殊需求。
澎湖擁有廣大海域，每年投入大量人力物力進行海洋資源保育及環境維護。新版財劃法未將海域面積及相關治理成本納入考量，對澎湖縣極為不公。此外，以人口及營業額為主要分配依據的設計，也未能反映離島地區的實際財政需求。
澎湖縣政府呼籲立法院正視離島的特殊性，重新檢討財政收支劃分法的分配機制。離島地區面臨交通運輸、基礎建設維護等額外支出，需要更合理的財政資源分配，以確保地方發展及民眾福祉。