按自然人憑證之核發，係由各戶政事務所依自然人憑證核發及管理作業要點辦理，依上揭要點第4點及第5點規定，戶政事務所於受理自然人憑證申請時，應查驗申請人是否為本人親自辦理及申請人之國民身分證等身分查核事項。
無論係自然人憑證實體卡或行動自然人憑證，均可在網路上作資料交換，如同網路身分證，均具備身分識別、數位簽章及資料加解密等功能，依照我國電子簽章法規定，自然人憑證數位簽章為電子簽章之一種，在法律上具有「推定」為本人親自簽名或蓋章的效力。 為遏阻利用自然人憑證行詐之情事發生，縣府民政處呼籲鄉親，切勿將自己的自然人憑證交給他人使用，以免後續發生個資外洩或遭到冒用，因而導致不必要的法律責任及財產損害。