縣府為健全離島航運發展，爭取行政院離島建設基金「離島綜合建設實施方案」，以基本航次補貼方式挹注各公所及車船處，延攬優秀航商服務，增加便利通勤班次；目前執行為第六期(112~115年)，每年補貼7,269萬元，第五期為每年5,700萬，第四期為3400萬，第三期為2400萬，後續第七期將再視鄉親需求提高補助經費，改善二三級離島交通不便。
旅遊處表示，歷次可順利提高補助金額，除交通部航港局積極協助本府進行計畫書審核外，也感謝各公所積極督責航商落實班次執行及搭船名冊登記、鄉親需求反應及成本分析等協助，旅遊處也請搭乘鄉親及旅客於搭乘時配合人員清點及身分別名冊登記，落實交通船搭載人數之統計，以利縣府後續數據分析再向行政院爭取經費挹注。