據了解，當地漁民請求縣府清淤，是針對漁港內及航道淤砂，但是工作船清淤，卻是在漁港堤岸外有護堤作用的淤砂，與漁民認知差異因此產生抗議。
鄉長陳振中表示，南北寮漁港清淤工程爭議，主因是縣府與地方溝通不良造成，漁港北邊停泊區主要是淤積的垃圾清除，南邊主要停泊區則需要清淤。此外，北邊停泊區若挖太深，堤岸及周邊建築將有傾倒危險，而南邊才是主要停泊區，急需航道清淤，卻不在此次工程計劃內，才會導致漁民強烈反彈！
北寮社區理事長蔡馥裕表示，關於漁港清淤是個人事前跟政府相關單位表達錯誤，造成各單位勞師動眾，勞民傷財表示報歉，也希望此事就此停止。
針對地方民意的反彈，澎湖縣政府工務處表示，動工前已召開說明會，當時居民並無意見，現傳出異議將僅進行表面清污，不進行向下浚深作業。
△南北寮漁港清淤爆發民眾抗爭。 (民眾提供)