澎湖輪7月31日調派支援花蓮疏運，原是美事一樁，卻因交通部航港局配套措施慢半拍，台灣航業延遲通知，更要命的還畫錯重點，搭乘澎湖輪主要是車輛運輸，不是人員問題，澎湖縣政府雖緊急出面緩頰，但也難平息澎湖人及旅客的怒氣，反而淪為民怨發洩口，紛紛上網留言發洩不滿。
澎湖縣政府表示，因應澎湖輪借調花蓮支援疏運，7月31日、8月2日啟動南海之星2號，延航高雄2個航班。
但南海2號交通船搭乘旅客281人，澎湖輪是600人，根本無法負荷全部人數，更重要的是搭乘澎湖輪，主要是要連車帶人抵澎，有人28日連車搭乘澎湖輪，搭乘31日澎湖輪回高雄，欣賞30日閉幕的澎湖國際海上花火節，澎湖輪突然取消，嚴重打亂行程。
最讓旅客不滿的是，澎湖輪支援計畫不是臨時決定方案，但交通部航港局卻未適時推出配套措施，而代理澎湖輪的台灣航運公司，截至（29）日消息披露後，還一問三不知，一早還要求旅客前往取31日的票，直至晚間6時多才通知民眾31日澎湖輪航班取消，僅願補貼旅客前往嘉義布袋搭船的交通費用。
受凱米颱風影響，東部鐡公路運輸仍未全面恢復正常，航港局繼緊急調度新臺馬輪於7月28日至30日投入蘇花海運備援服務後，接續協調澎湖輪於7月31日至8月2日，及凱旋1號於7月31日至8月3日接替新臺馬輪投入蘇花海運運輸。
航港局表示，有關7月31日至8月3日之疏運航班，訂於每日上午8時至下午6時開放民眾至航港局官方LINE帳號登記，但為加速回應受理結果，僅受理隔日船班之需求登記，請民眾多加留意，至官方LINE登記時，亦請提供姓名、身份證字號、車號、聯絡手機、車輛種類(如大客貨、小客貨或機車)等必要資訊，若已額滿，將給予候補序號。提醒民眾視需求擇一船舶登記(澎湖輪或凱旋1號)，另登記日期、船班倘有所異動或取消，亦請於LINE帳號回復，有關澎湖輪及凱旋1號搭乘船舶及託運車輛相關訊息，請有需要的民眾多加利用!