另對於較具破壞性之底刺網漁法訂定「澎湖縣底刺網禁漁區、禁漁期及有關限制事宜」，規定凡以底刺網作業之漁船（筏），每年3月、4月、7月及8月間，禁止進入本縣沿岸最高高潮線起向外延伸一浬海域內（不含內灣海域）作業，其餘時間允許總噸位十以上使用網目七公分以上，及總噸位未滿十使用網目三公分以上之底刺網作業漁船（筏）進入本縣沿岸最高高潮線起向外延伸一浬海域內作業。
農漁局表示，漁民生計與漁業資源皆是縣府守護之目標，水產資源雖具有再生性，但非「取之不盡，用之不竭」，海洋生物皆須有休養與繁衍期，方能使物種生生不息，籲請漁民朋友配合相關規定，若對法規內容有疑問歡迎撥打農漁局：9262620#120，共同為維護漁業資源保育及永續利用戮力。