高雄港務分公司並規劃利用1號碼頭後線即將興建之郵輪新旅運中心與8號碼頭澎湖輪旅客通關場站提供國內客船通關，完工後將可大幅分流現有港埠大樓通關旅客。
高雄港務分公司說明，每年四至九月為澎湖觀光旅遊旺季，受限於馬公港旅客服務中心室內候船空間，出港船班過於集中，遇連假時段常造成旅客通關壅塞等問題，交通部航港局南部航務中心為進行船班分流，以達人流分散的目標，於一一三年一月十八日、三月十四日邀集各客運業者、海巡等相關單位召開研商「澎湖商港馬公碼頭區客船航班分流協商會議」，高雄港務分公司馬公管理處按照會議結論，積極配合執行，並為協助旅客迅速、順利通關準時搭船，該分公司也於旅客通關作業前二小時加派人員與多位志工與廣播系統積極疏導，維持現場排隊秩序與人潮分流等服務工作，以加速通關效率。
另為避免船班過於集中問題，該分公司將再持續與業者溝通宣導，務必遵守航班分流會議決議。