「珊瑚觀察家」及「魚源解碼戰」是該場最具特色的環境教育課程，「珊瑚觀察家」以珊瑚保護及復育為核心，透過學生扮演珊瑚蟲與蟲黃藻，進行遊戲認識珊瑚知識，並於該場珊瑚農場學習珊瑚體檢(Coral Watch)的技術與方法，為守護珊瑚健康付出行動，最後再結合種珊瑚的體驗，為自己與海洋種下新的希望。「魚源解碼戰」則是凸顯人類過度捕撈、棲地破壞與污染造成海洋資源枯竭，該課程透過疊疊樂積木的概念，讓學員了解海洋生物多樣性的重要，並加入場館內的資訊探索，進行解碼復育挑戰，以了解海洋保育之不易與重要性。
本縣水產種苗繁殖場的環境教育課程，係以海洋生物繁養殖技術為基礎，設計多樣且有趣的環境教育課程，著重以遊戲或是與生活體驗結合傳遞海洋保育觀念，場館內有水族展示區、觸摸體驗區、海洋劇場、AR互動區、觀景平台等豐富設施，更有全台灣唯一免費的「種珊瑚」體驗！歡迎有興趣的民眾、機關及團體多加利用！更多資訊歡迎洽詢澎湖縣水產種苗繁殖場官網及臉書粉絲專頁，如需預約導覽可上網站或是來電預約(06-9951065)。