澎湖南方四島國家公園海域特別景觀區內許可既有傳統之季節洄游性之漁業活動，惟經漁業主管機關公告禁止管制之漁業活動除外。即有條件許可曳繩釣、一支釣、延繩釣作業等傳統之季節洄游性之漁業活動，海管處除執行《國家公園法》之外，亦與澎湖縣政府合作，管理園區漁撈行為，其中，澎湖縣政府於102年2月公告「東吉、西吉、東嶼坪、西嶼坪周邊海域禁漁區相關限制事宜」，規範完全禁漁區、底刺網禁漁區、底刺網季節性禁漁區等許可作業期間與區域，另於110年6月公告「澎湖縣底刺網禁漁區、禁漁期及有關限制事項」，訂定底刺網具作業月份、離岸距離及網目大小等規定，若有違法可處3,000元至15萬元不等罰鍰。
為保護園區內海洋生態資源並兼顧地方生計，海管處持續進行在地居民水域遊憩活動職能培訓及其他輔導轉型訓練或講座，逐步推動在地產業轉型；另透過嚴格執法管控、科學調查及復育作為，適度且有條件許可漁撈行為，達到保護海底資源，來促使地方永續發展。
△底刺網禁漁區相關規定。