該分局表示，受災戶不論是個人或營利事業，報請所在地國稅局派員勘查核備後，得於辦理該年度綜合所得稅或營利事業所得稅結算申報時列報災害損失；澎湖地區雖免徵營業稅，但小規模營業人，因災害影響致無法營業者，仍可向該分局申請，准予扣除其未營業之天數，以實際營業天數查定銷售額核定營利所得歸課個人綜合所得稅。
該分局強調，對於民眾因災害造成的財產損失，將秉持從寬、從速原則，主動協助及輔導受災民眾申報(請)各項稅捐減免事宜，並提供所得稅、營業稅、貨物稅及菸酒稅等稅目之減免規定(詳「災害損失租稅減免全攻略」)。另外，該分局也呼籲民眾多利用線上申辦災害損失租稅減免，南區國稅局已將災害損失減免、稅捐延期或分期繳納等相關申請書表及應檢附文件資訊，彙整於該局網站（https://www.ntbsa.gov.tw），民眾可至「災害損失報備專區」查詢。如有任何問題，歡迎撥打免費服務專線0800-000-321，將有專人為您服務。
