工務處表示，近年來觀光興起，交通遊憩船舶增多，包括遊艇進入澎湖進行跳島旅遊等，使得部分漁港船舶席位不足，或部分漁港因本身漁船數較多，已無空間再容納其他船舶等因素，縣府近年來依漁港法第15條第1項規定檢視漁港船隻進出港規定，就馬公第二、三漁港、案山漁港、岐頭漁港、外垵漁港、內垵北漁港及將軍南漁港等六處漁港的非漁船停靠申請，除緊急避難或公務外，皆不同意停泊。
基於保障漁船權利，落實漁港以漁船為優先停用的立法精神，如未經申請同意違規停靠者，將優先勸導駛離，若不聽勸執意停泊或多次停泊，縣府將依據漁港法第16條及22條規定予以開罰。