「澎湖廳憲兵隊」具有前清、日治到國民時代的歷史意義及建築藝術性，因建築及附屬構造設施眾多，工程金額龐大，澎湖縣政府向文化部分期分區分階段爭取經費辦理修復。第一期修復工程於104年完成園區內劍擊室及馬房、指揮大樓之修復。第二期修復工程於109年完成澎湖廳憲兵隊(劍擊室及馬房、寢室大樓、指揮大樓)之修復與活化再利用工程。
本次為第三期修復工程，也是澎湖廳憲兵隊修復最後一部分，工程內容主要為園區北側獨棟及雙拼之日式宿舍群及防空砲座等現況的修復與活化再利用工程。由玉騰建築師事務所以新臺幣349萬5,000元承攬辦理監造及工作報告書，工程由昇杰營造有限公司承攬，發包經費新臺幣3,500萬元整，工期450個日曆天，預定於112年6月開工。
目前澎湖縣廳憲兵隊已華麗變身洪根深美術館營運，已成媽宮城內區新文化平台。洪根深美術館的設立與開館，也成為澎湖的文化地標，第三期修復完工後，能讓園區整體營運將更完整。
