海管處推動國家公園育樂目標，配合行政院向海致敬政策，提供海洋環境教育和生態旅遊機會，培養國人親近海洋、愛護海洋之理念。考量澎湖南方四島位處偏遠且交通不便，距離最近的衛生醫療機構航程至少需1小時，但現地僅東吉嶼、東嶼坪嶼有簡易衛生室與護理師駐點，而四島周邊的海域一般管制區及海域遊憩區，分散在東吉嶼、東嶼坪嶼、西嶼坪嶼各處，範圍廣大空間開放，海管處為營造更友善、安全的海洋體驗場域，適度調整輔導管理機制。
海管處發現近年在東嶼坪西側海域(一般管制區)與東吉嶼東側海域(遊憩區)從事水域遊憩活動之人數增加，部分遊客或因不熟悉園區環境，誤入船隻航道活動而險象環生；或在低潮水位較淺時游近踢傷珊瑚，或撿拾珊瑚拍照等而影響生態環境，故鄉親、業者及學界建議調整管理措施。因此自112年起將｢海域一般管制區｣及｢海域遊憩區｣納入水域活動申請範圍，以利向遊客宣導安全與環境維護事項，另遊客提供緊急聯絡人資料，發生特殊事件時相關部門將可迅速向指定人員取得聯繫，提升應變效率。
澎湖南方四島國家公園｢水域遊憩活動種類、範圍、時間及行為｣於112年1月17日修正公告後，針對自由行前往｢海域一般管制區(逾半為港區範圍，不宜活動)｣及｢海域遊憩區｣從事水域遊憩活動的民眾，將提供｢現場紙本填單｣，及｢線上填單｣2種申辦途徑。現場填單部分，只要閱讀注意事項並填寫人員資料及緊急聯絡方式，交給東吉（或嶼坪）遊客服務中心同仁確認後，即完成手續；線上填單部分，只要進入系統點選閱讀各注意事項，並填畢資料按下確認送出後，即完成手續。
海管處貼心提醒大家，澎湖南方四島每年4月至9月才開放水域遊憩活動，相關申辦表單請到海管處官網填寫或下載使用（https://www.marine.gov.tw/便民服務/線上申辦）。至規劃到｢海域特別景觀區｣活動，或從事｢水肺潛水｣的朋友，請循既有程序申辦即可。
△民眾在東嶼坪海域划SUP情形。
△南方四島海域生態豐富。