在疫情控制並考量清明節民俗追思需求，大陸委員會公布在清明節前自今(112)年3月25日起開放小三通客運中轉之政策，除搭乘旅客擴大至國人及其陸配等外，各航線航班數量也因應旅客需求進行增班，航港局於3月21日邀集金、馬地方政府、小三通航商及CIQS等相關單位確認均已完成整備，並將視旅客人數適時增派人力及運作量能，及協調航班安排，在大陸委員會所公布航班上限之原則下，金廈航線自3月25日起調增為每日6個往返航班、金泉航線及馬祖小三通(福澳-琅岐、白沙-黃岐)航線3月份仍維持原有排班，自4月1日起金泉航線調增為每週3個往返航班、馬祖小三通航線調增為每週14個往返航班。
同時，取消原旅客需預先向金、馬地方政府登記作業，符合資格旅客得持身份證明文件向航商購票搭乘，各航線航班表將公布於航港局官網小三通航班專區，以便旅客查詢。