澎湖因為小離島眾多，有12個離島中的離島因為選票運送的特殊性，必須提早作業以免影響到公民投票的權益，尤其望安鄉有望安、將軍、東吉、東嶼坪、西嶼坪、花嶼等大小離島。
澎湖縣選委會23日上午印好選票之後，由選務人員在2樓禮堂進行清點的工作，先將望安、七美的選票點領完畢之後，規劃望安選票搭乘14時30分的光正6號交通船送達望安本島，七美的選票則搭乘德安航空15時20分的飛機，運抵七美鄉。
離島選票由2部警車、10餘名警力的戒護之下，由選委會送至第三漁港南海候船室的光正6號碼頭，其中選票由3個大黑色行李箱封裝，選務相關文件與文具設備則由10數個黑色行李袋裝著，陪同選票到望安的還有選務工作人員，戒護警力則有刑警全程錄影，以免發生意外。
另外原先預計搭乘德安航空飛機寄送到七美的3000多張選票，因為雲層太厚無法順利飛航，考量安全性選委會決定晚上寄存澎湖縣選委會，24日上午則搭乘南海之星交通船運送到七美。
選委會統計，這次縣長選舉合格公民數馬公有52839人、湖西13505人、白沙8622人、西嶼7261人、望安4777人、七美3356人，總計有90360人。馬公、白沙鄉的小離島虎井、桶盤、吉貝、鳥嶼、員貝、大倉，將在24日上午送到鄉市公所選務作業中心之後，在下午由交通船運送到小離島。
△選票在警力戒護下，順利送抵各離島。