小門地質探索館過去開放參觀並未收取門票，澎管處為因應政府政策，並能有效且落實執行該館之管理維護工作及推展人文教育之需要，且基於使用者付費之原則，訂定收費標準，並自112年1月1日起開始收費。
收費票價分為三類，全票為新臺幣30元整、優待票為新臺幣15元整及免收門票。
優待票適用標準為年滿65歲以上者於假日參觀者、學生、持志願服務榮譽卡之義勇警察、義勇消防及十人以上之團體；免收門票適用標準為未滿六歲兒童、年滿六十五歲以上者於平日參觀者、持志願服務榮譽卡志工及身心障礙者及其必要陪伴者一人。
△「小門地質探索館」自112年元旦起開始收費。