航港局表示，11日僅有布袋/高雄-馬公、將軍-東吉、東港/鹽埔/大鵬灣-小琉球正常開航。此外，臺南將軍-東吉航線12日亦受影響全部停航，11日有4航次往返，呼籲民眾提早因應。相關資訊航港局除已事先連繫臺東、屏東及臺南縣政府協助宣導當地旅遊旅客知悉外，並同時督促業者儘速通知受停航航班影響之訂位旅客因應。
航港局再次提醒連假期間正在離島旅遊之民眾應留意梅花颱風路徑及航班資訊，適時調整旅程規劃，以免因航班變動影響返臺時間。航港局於中秋連假期間每日17時公告次日本島離島間海運客運開停航之航班資訊，並於航港局官網 https://reurl.cc/RXLEDD 中秋節連假海運疏運資訊同步發布。