爆料者指稱，近期館方以營運不善為由，一年內刻意辭退或是逼退共七名正職員工，然後以打工換宿的名義騙取年輕人來館內工作，提供的宿舍髒亂不堪，設備老舊，甚至連冷氣及熱水器都無法使用，並且不給予薪水，卻要求這些打工換宿的人做與正職人員一樣的時數和工作量，如換宿的人發現實情想提早離開，則用各種侮辱性字眼謾罵他們不負責任，甚至騷擾其家人。
另外，為節省成本，館內高層竟然剋扣海洋生物餌料，造成魚兒吃不飽，最後鯊魚開始獵食其他魚類。館內做為招牌的大洋池餵食秀，也出現潛水員被飢餓的鯊魚圍繞討食、甚至有潛水員被咬傷。
針對離職員工爆料，澎湖水族館表示，以保護海洋生態、重視生物福利做為經營理念。在打工換宿部分，我們每月替同學省費用提供住宿，讓同學們在暑假有不同學習經驗，面試時都已告知實際情況，地點較偏遠、住宿較老舊，每當同學們反應設備壞掉，第一時間就修繕，而打工換宿的獎金也都是事前討論，並無無理要求或強迫等行為。在生物飼養與大洋池，每天準備足量的冰鎮新鮮餌料給潛水員做餵食。
△鎮館之寶，25歲的龍膽石斑也被攻擊身亡。（取自爆料公社）