馬公市公所指出，廢棄牡蠣殼（蚵殼）的再利用權責單位為澎湖縣政府農漁局，而處理單位為澎湖縣政府環境保護局。依據廢棄物清理法第五條第一項規定，澎湖縣政府及鄉市公所皆為廢棄物清除之執行機關，而鄉市公所負責一般廢棄物之回收、清除工作，澎湖縣政府乃負責一般廢棄物之處理工作。108年澎湖縣政府編列200萬元經費補助白沙鄉公所自行規劃清除，並在縣府環保局、工務處協助下運至赤崁村土資場回填。當年度並未補助馬公所相關經費。
市公所表示，109年依據澎湖縣政府農漁局核算處理菜園廢棄牡蠣殼（蚵殼）數量，呈報清除計畫向澎湖縣政府申請補助新臺幣470萬元，澎湖縣政府僅同意補助經費新臺幣250萬元，礙於補助經費，導致本案2次流標後，於第3次招標，2家廠商投標的情況下由鑫翰企業有限公司得標。
完成發包後，廠商即展開蚵殼清除作業，未料，馬公市公所循白沙鄉公所作業模式將廢棄蚵殼清運至土資場卻無法進場。
為解決蚵殼清運問題，馬公市公所函送「110年度馬公市廢棄蚵殼清除計畫工程」營建工程剩餘土石方處理計畫書至澎湖縣政府，經縣府函覆，縣府專案同意辦理收容堆置，惟須請市公所配合先行將蚵殼日曬雨淋超過90天以上、瀝乾、碾碎後直徑大小不得超過3公分、去蚵繩等處理。廠商表示若依其標準辦理方可進土方場，確有難以執行之處，因而辦理合意解約。該所亦同時發文至縣環保局表示本案窒礙難行原因，未獲其協助，只好依廠商意願辦理合意解約及請款結案事宜。縣府已於111年8月17日函同意結案備查。
另，依據108年6月6日工策會至議會專案報告最後指出，澎湖縣牡蠣殼處理之統籌規劃、分工、協調、確認事宜，事涉環保、農漁、建設、工務、文化、鄉市公所、社區、業界等。請縣府成立專案任務推動小組，並拉高召集人的層級，召開會議再做成決議事項，分送各有關單位與機關予以循環經濟再利用辦理，以解決本縣牡蠣殼長久存在之問題。
市公所表示，為徹底解決菜園里廢棄蚵殼堆置問題，雖廢棄蚵殼暫時未能清運至土資場，然而，堆置至土資場也非長久之道，因此馬公市公所參考行政院農業委員會訂頒之「農業事業廢棄物再利用管理辦法」，以及全球永續發展、資源再利用之趨勢，多次函請澎湖縣政府輔導本縣牡蠣養殖業者有效處理廢棄牡蠣殼問題，未獲認同。
△馬公市公所呈報蚵殼清除。