縣府表示，為增加申請人申請便利性，均採線上申請，以網際網路至縣府申辦服務>申辦服務系統>求學與進修>大專助學金或大專交通圖書券申請(交通圖書券如審核通過，將發送簡訊及e-mail予申請人，申請人至申請平台下載條碼即可至簽約店家使用)，申請時間9月1日至10月15日止，只要將申請資料輸入系統並將申請佐證文件逐項上傳存入系統即完成申請。
申請人於申請截止日前設籍本縣連續滿3年或累計達5年以上並畢業於本縣高級中等學校或國民中學且就讀大專院校者，均得提出申請。但就讀空中大學、軍警學校、各類進修學分班、研究所及未經政府核准立案學校者，不予獎助。
查詢辦理情形，可透過網路亦洽詢澎湖縣政府教育處如下：
（一）網站：至澎湖縣政府申辦服務區>查詢進度>非會員查詢>輸入信箱與案件驗證碼即可。(會員輸入帳號密碼即可查詢)
（二）電話：撥打(06)9274400#272、241、385、282、273、519，向教育處詢問，若忘記則須報明申請人身分證統一編號方可查詢。
澎湖縣政府表示，提出申請，領有公教人員子女教育補助費或農漁民子女就學獎助學金及大專院校學生助學金只能二擇一提出申請，以符合公平一致處理原則。