縣府於109至111年度陸續完成成功及興仁等2座水庫周邊地區雨污分流系統，刻正辦理東衛地區引水路污水截流改善工程，預計於今年完工，本次縣府積極爭取經費補助辦理成功及東衛地區引水路污水截流改善第二期工程，成功地區預計改建成功1-2號引水路約200公尺，且於引水路南側埋設污水管約200公尺及埋設污水塑膠陰井10座；東衛地區則計畫將水庫集水區西側進行污水截流及東衛2號引水道周邊雨污混流側溝改善，進而收集鄰近家戶生活污水，以改善水庫水質。
縣府呼籲民眾水庫周邊地區為環境敏感區，應避免水質遭受污染，未來針對水質水量區保護區內之建築，縣府將要求採雨污分流設計，且污水管及雜排水管將務必接入本府已建置之雨污分流系統，希望透過源頭管制，確保水質安全，為離島地區的水資源盡一份心力。
