指揮中心說明，依衛生福利部傳染病防治諮詢會預防接種組(ACIP)於今年6月27日專家會議決議，「目前國內處於社區流行階段，建議滿6個月至5歲(未滿6歲)嬰幼兒接種莫德納COVID-19疫苗，以降低染疫後重症及死亡之風險，經參考疫苗臨床試驗結果及各國疫苗接種政策，建議接種兩劑基礎劑，兩劑間隔4-8週以上」。另，接種途徑為肌肉注射，2歲以下之嬰幼兒建議接種於大腿前外側股外側肌，2歲以上幼兒接種於非慣用手之上臂三角肌，經醫師評估後接種。
指揮中心指出，今年截至7月18日止，累計103名兒童本土COVID-19重症病例(其中22例死亡)，因此，為加速提升滿6個月至5歲(未滿6歲)嬰幼兒免疫保護力，指揮中心將與各地方政府共同推動相關接種作業。衛生局說明，為確保嬰幼兒接種作業安全，本縣規劃6個月至5歲(未滿6歲)嬰幼兒接種院所為國防醫學院三軍總醫院澎湖分院、衛生福利部澎湖醫院、周明河兒科診所、陳麒勛診所及各鄉市衛生所；滿2歲至5歲(未滿6歲)嬰幼兒接種地點則為各COVID-19疫苗接種合約院所。
衛生局提醒，莫德納 COVID-19疫苗為首次於國內提供滿6個月至5歲(未滿6歲)嬰幼兒接種，基於兒童及青少年於接種mRNA疫苗後可能的反應及罕見發生輕微之心肌炎及心包膜炎，請家長於接種前詳閱接種單位提供的接種須知，以瞭解接種後可能發生的常見副作用(如躁動/哭鬧、接種部位疼痛、嗜睡、食慾不振、發燒、注射部位紅斑及腫脹等)，並於醫師評估後接種。