澎科大體適能運動中心過往深受民眾歡迎使用，為提供更優質的運動環境，去年底爭取教育部補助1000萬，重新建置全澎湖第一座符合國際標準體適能訓練基地，除了提供澎科大師生優質的運動設施與環境外，澎湖鄉親亦可付費辦理會員使用相關設備。
體適能運動中心一般民眾申請會員共有2種收費方式，月卡30天1300元，學期卡為一學期5000元，卡片均限本人使用，民眾前往需穿著合宜的運動服裝與運動鞋方可入場。
內部設置有各款最新式訓練機台，包括臀部訓練機、大腿推蹬機、背部伸展機以及多台電動跑步機等設備，結合心肺耐力、肌耐力、肌群力、柔軟性及身體組態等訓練場域。
體適能運動中心營運時間配合學校每學期18週上課期間之週一至週日下午6點至9點，其餘時間可規劃開設以機關團體為單位的運動班，有興趣的機關團體，歡迎洽詢該校體育組。使用須知、相關課程及場館開放訊息，可上國立澎湖科技大學-體適能運動中心官網查詢。
澎科大校長黃有評表示，為善盡大學社會責任，體適能運動中心除了提供一般民眾付費使用多項室內設施外，未來也將規劃高齡者友善運動環境，落實大手攜小手計畫，期許澎科大成為澎湖縣內中小學的體能訓練基地，希冀提供全體澎湖縣民另一個優質的運動場域，促進縣民身心健康。
