澎湖縣政府表示，該名女嬰出生時四肢活動力佳，唇色紅潤，生命徵象穩定入住隔離病室，第二日開始出現呼吸費力，血氧上下起伏較大等狀況，經兒科醫師評估後，轉至新生兒加護中心給予經鼻連續正壓呼吸輔助及常規抗生素治療，並密切觀察生命徵象，後續病況逐漸穩定，回復正常進食。
澎湖縣政府表示，女嬰住院期間抽血及胸部X光檢查均無明顯異常，更無肺部塌陷情況，兩套PCR檢查均為陰性，11日早上已順利脫離經鼻連續正壓呼吸輔助，生命徵象穩定，進食量逐步上升，安靜時呼吸平順，唯哭鬧時仍有肋凹及聲音沙啞狀況，醫師研判可能是呼吸道異常。
澎湖縣政府指出，院方建議如後續症狀未改善才需後送台灣本島進一步檢查，但家屬希望及早後送，院方尊重家屬意願，經聯繫高雄長庚醫院，於11日下午進行後送任務。
澎湖縣政府說，因女嬰狀況穩定，院方未堅持一定需要保溫箱才能後送，最後由一位專科護理師陪同搭上凌天直升機後送，但11日16時02分起飛，飛行途中飛機警告燈亮起，原機於16時27分折返澎湖。因家屬仍希望盡早後送，縣府與院方持續協調空勤總隊協助，但當時處雷雨狀態，空勤總隊16時51分回覆天候不佳，無法執行任務。
澎湖縣政府表示，在等待後送期間，三總澎湖分院仍全力照護女嬰，縣府不斷與空審中心聯繫，並要求凌天航空加速檢修，12日上午確定天候及飛機均安全的條件下，院方指派小兒科醫師專程護送女嬰順利抵達高雄長庚醫院。