民眾一旦快篩陽性並經醫生確認後，可由疫情指揮中發送的「手機簡訊」或透過「全民健保行動快易通APP」，至系統網站按下列流程依序填入疫調資料。
一、先填入身分證號碼或居留號碼後六碼做身分驗證。
二、請先詳細閱讀「法源依據暨個人資料蒐集告知事項」及確認是否有喘、呼吸困難、皮膚或嘴唇、指甲床發青症狀，若有相關症狀，請立即連繫當地衛生局人員。
三、請依自身身分勾選是否符合孕婦、血液透析、年齡大於65歲且獨居，並回想發病前兩日至被隔離日的「可傳染期」期間，曾共同居住、工作或就學的人。
四、詳細填寫疫調單，要求確診者填寫個人資料，包含手機號碼、居住地址、職業或身分別、服務學校或公司、法定代理人等，後續會請確診者填寫最早出現症狀日期或檢驗陽性日期、密切接觸者、是否有慢性疾病或懷孕、疫苗接種史等。
該系統已新增批次維護作業功能，確診民眾於24小時內可再編輯1次，並可自動開立居家照護對象的電子版通知書，針對需特殊照護的高風險對象(如懷孕、洗腎、高齡且獨居者)匯出清單，以利優先評估收治情形，縣府籲請確診民眾送出資料前，務必謹慎檢查後再發送，不可任意填寫疫調資料，以免影響自身權益。
澎湖縣政府衛生局表示，COVID-19疫情仍持續發展中，全國實施確診者自主回報疫調系統，可即時蒐集確診民眾與其密切接觸者資訊，縣府鼓勵確診民眾配合主動填報系統，確保國人健康。
△確診者自主回報疫調系統。