三總澎湖分院除了肩負第一作戰區醫療責任外，更扮演著澎湖地區軍民的健康守護者身份，平時除了發展軍陣醫學，協助三軍部隊落實緊急醫療救護訓練，更支援離島偏遠地區醫療，不定期推動社區、學校衛教促進，作戰時期更是地區傷患急救主要醫療機構。
軍醫局為強化三總澎湖分院與基層單位軍醫業務密切協調工作，特別建立「第一作戰區軍醫業務會報」機制，每個月透過軍醫承辦人的聚集與意見交流，協助各單位解決衛生醫療保健執行窒礙。多年來每個月的軍醫會報定期召開，已為部隊預防醫學及各項感控作為發揮最大功能，目前的疫情（covid-19）防制管控更是重中之重，部隊防疫有成才足以守護地區三軍官兵的身體健康。
副局長蔡少將指示在場軍醫幹部下列三點：一、國內疫情近來有升溫的趨勢，海軍艦艇單位及各單位戰情中心執勤人員，處於密閉空間作業，應落實體溫測量及紀錄。二、各單位每日均有人員休假在外，幹部應不厭其煩的再三叮嚀，官兵休假期間盡量減少前往人口稠密的地點，同時作好個人的防疫工作。三、天氣漸漸轉熱，各單位除了著重中暑防範，伙食團應減少生食供應，才能降低食物中毒事件，同時廚房環境衛生一定要定期清掃，對於單位內飲用水應定期送撿，作好官兵生活衛生照顧，才是軍醫幹部的基本職責。
