『國際雙語教育』，學校從110學年度起便透過縣府教育處與美國學術交流基金會合作，積極引進英語外師駐校教學，推動國際雙語教育，並擔任澎湖縣國際教育行政窗口IEAS任務學校，建置馬公國中國際學園，讓校內學生自然沈浸在國際雙語教育的情境中，自然學習英文，藉以提升學生英語學習成效。
『智慧科技教育』，在全球科技席捲產業的浪潮下，科技開始走入教育，如何透過科技技術融入，改變孩子學校學習過程，創造學生吸收知識的最高效率，這將會是未來教育發展的重點。因此，科技與學校教育的結合，就變得必要且具迫切性，學校也希望藉由智慧科技教育的推動，全面提升學生的未來競爭力。智慧科技教育變成了馬公國中推動教育的另一項重點。
『語數資優教育』，學校資優教育除了藝術才能資優班(美術班、音樂班)外，自本(110)學年度起，便開始辦理語文及數理資優資源班，希望藉由資優教育的推動，讓這群具備資優鑑定通過的孩子，透過資優教育的推動，期許更能讓自己有挑戰自我的機會，延續擴大對語文及數理的學習興趣，全面精進縣內資優教育品質，激發學生天賦發展，讓未來充滿無限可能。
學校教育應該著重在培養學生的基礎能力，並以激發學生潛能與創造力為主要目標，這兩年來學校積極推動『國際雙語教育』、『智慧科技教育』、『語數資優教育』等三大教育目標。黃校長表示，教育有無限可能的，且教育是必須要與時俱進，不斷成長的。未來學校教育，希望透過不段的改變，循序漸進的培養學生們的學習能力，積極培育未來卓越的人才。也期許有相同理念想法的家長、學生一同加入馬中這個大家庭。
