車船處表示，實施本項航班，主要係照顧離島居民、便利望安、七美二鄉離島居民交通往返及公務洽公之便，並有助於觀光客搭乘至望安、七美旅遊夜宿觀星吃海鮮。本項增開夜泊七美航班必須依照使用者付費原則收費，但為兼顧離島居民福利，車船處給予設籍望安、七美居民搭乘馬公-望安或馬公-七美票價統一為200元的優惠，一般乘客則仍依車船處公告票價表收費。
為方便乘客事先規劃行程，夜泊七美航班將自開船日前1個月受理電話預約訂票，受理對象為一般民眾，每航次名額為60名（額滿為止，不再增開加班船），訂票時間為每日11:00~19:00。訂票專線(06)9272376、傳真9270335。完成電話預約訂票者，須於開船前1〜2日上午11:00〜19:00至本處公車總站付款並取票。如因旅客個人因素致取消行程者，得於開航前1日21:00以前來電06-9272376申請退票，手續費為船票票價10％。現場購票者請於該航班開航前1小時至乘船現場購票。
基於安全性考量若因風浪過大或如有因颱風或天氣等不可抗力因素致航班停駛者，本處將不另行通知，請完成電話預約訂票者，自行上車船處官網查看，有關航班如有異動將隨時公告於候船室及車船處網站最新消息。