菜園濕地位在馬公內港東北岸的灣底，北臨205號公路旁的雙湖園及興仁水庫，東至201號公路旁之興仁進士第，西至菜園生命紀念公園，南至菜園魚塭之潮間帶。
日領時期，菜園里東側沿岸已築有魚塭；1945年後，魚塭範圍逐漸擴大；1971年，魚塭停止養殖後，這片濕地成為鳥類過境、度冬、遷移的最佳場所。
「菜園濕地」位於雙湖園區，生態豐富，時有白鷺鷥、蒼鷺、小雲雀、小燕鷗、小水鴨、蔚藍細蟌、招潮蟹、中華三棘鱟等物種造訪，加以鄰近馬公市區，成為熱門的休憩景點。
近年縣府不斷提升管理，保養入口意象，改善九曲橋體及周圍人行道，增加人員環境清整，割除雜草，園區道路更加明亮通暢。
此次整修，縣府汰換13座舊解說、告示牌，並且融入環境教育意識，便於辨識。期間，還舉辦淨灘活動，落實環保。
濕地具調節氣候、涵養水源、水質淨化等功能，素有「大地之腎」。縣府會持續復育生態，打造友善濕地園區。
而附近的菜園漁港旁有業者，可帶遊客到內海觀賞箱網養殖和牡蠣，甚至釣花枝、餵海鱺，海岸邊則有防風林、堤岸，設定解說牌，可在這帶漫步賞鳥觀海，頗為愜意。
濕地現況有「興仁水庫及造林區、雙湖園及紅樹林濕地、菜園魚塭區、菜園潮間帶海岸區」，該濕地為馬公市區最適合生態遊覽與戶外教學的地點。該濕地含蓋自然雨仁照的多樣性濕地型態，海域遼闊，面積廣大，且具馬公市區中心近，交通便利，已具有國家及濕地公園的規模與條件。
△菜園濕地管理成效全國優等。
△菜園濕地澎湖縣政府請人管理。
△黑面琵鷺澎湖過冬。