澎湖旅宿業眾多，為維護旅客住宿安全及品質，縣府除不定期及聯合相關單位稽查旅宿外，亦於旅宿官網及網路平台加強搜查訂房資訊，發現有非法旅宿或合法業者違規擴大營業事證，即依發展觀光條例相關規定予以裁罰，去年共查獲5件裁罰24萬元。
另鼓勵民眾若發現有非法違規經營旅宿情事，可依「澎湖縣政府獎勵民眾檢舉未領取登記證及擴大營業之旅宿業作業要點」向縣府旅遊處舉報，需提出被檢舉人具體違規及證據資料，包括違規行為、事實、時間及地點等檢舉資料，以利縣府查察裁處，同時，為避免衍生職業檢舉人，特別提醒民眾一年累計檢舉獎金以30萬元為上限，要點內也依交通部發布之「檢舉違反發展觀光條例案件獎勵辦法」規定，檢舉之旅宿如已經為縣府發現、查處中、依法裁處、列管中或已發放獎金者，屬縣府列管中之非法旅宿，因已列為日常旅宿稽查，故不列入核發檢舉獎金範圍，但仍歡迎民眾踴躍舉發不法事況。
交通部觀光局「台灣旅宿網」或澎湖Travel網站均公布列管違法經營之旅宿，民眾出遊前，可先查詢合法旅宿，確認您所選擇的住宿場所是否為合法登記。本縣的合法旅館及民宿皆領有「旅館業登記證」或「民宿登記證」，並應於營業場所懸掛揭示，確保入住旅客辨識，維護消費者安心旅遊環境。