111學年度預計招收行銷與物流管理系服務業經營管理碩士班一般生4名、水產養殖系水產資源與養殖碩士班一般生7名及在職生2名、觀光休閒系碩士班一般生4名、電機工程系電資碩士班一般生6名及食品科學系碩士班一般生5名及在職生1名；行銷與物流管理系服務業經營管理碩士在職專班14名、觀光休閒系碩士在職專班10名。
國立澎湖科技大學表示，111學年度碩士班暨碩士在職專班入學考試報考資格為國內公立或已立案之私立大學、獨立學院畢業或應屆畢業，或具備報考碩士同等學力認定標準者；又或者符合教育部採認之國外大學、獨立學院畢業或應屆畢業者。
報名日期自111年2月10日起至4月1日止網路報名。考試項目分為書面資料審查及面試。有意報考者，請至該校官網「招生訊息」中下載招生簡章，詳情請洽該校教務處註冊組顏先生，電話：（06）9264115轉分機1153。