法拍土地的拍定價款，基於稅捐稽徵法訂有土地增值稅優先於一切債權及抵押權受償的規定，都會先由法院代為扣繳土地增值稅後，再把剩餘的款項依債權的優先順序分配給債權人。稅捐機關接獲法院通報法拍案件的資料，會先按一般用地稅率核稅，並以雙掛號通知輔導當事人，法拍土地如果符合自用住宅用地稅率、農地農用不課徵土地增值稅、公共設施保留地免稅等要件者，依規定應在收到通知30天內提出申請。
澎湖縣政府稅務局表示，法拍土地如果符合減免要件，申請更正稅額，經該局重新核定後如果有應退的土地增值稅，因該筆退稅款是土地拍賣所得，必須交由執行法院依債權順序重新分配，不會退給原土地所有權人或拍定人，也不能直接交給債權人。
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