據瞭解，全國性公民投票（第17案至第20案）原定8月28日舉行，因受疫情影響，延至12月18日辦理。依《公民投票法》規定，公民投票案投票結果，有效同意票數多於不同意票，且有效同意票達投票權人總額1/4以上者(換算後為495萬6367票)，即為通過，反之不通過。
由於天冷強風等因素，各投票所昨日投票民眾稀稀落落，前一日機場也未出現返鄉潮，依據旅遊處公佈17日入境澎湖人數只有2,348人，入境人數與前幾日差異不大。
18日澎湖投票秩序良好，民眾遵守防疫規定，戴口罩、量體溫、手部消毒後再進入投開票所，下午4時起陸續開票，由於投票率僅28.81％，澎湖開票不到2小時半即完成。
四大公投投票結果晚間揭曉，中選會公佈4案全國「總票數」不同意票均大於同意票，反到是澎湖投票結果有別全台，4案都是同意大於不同意。
較值得關注的是，「反萊豬、公投綁大選、三接遷離」等三案，一開始以不同意居多，後來反被同意票「超車」，而「重啟核四」開票結果呈現拉鋸，依據澎湖選委會晚間6時20分上傳中選會資料，120個投開票所共開出119個，統計結果不同意票險勝同意票，雙方僅數票差距，6時24分最後一票所完成資料上傳，同意票以3票之差逆轉不同意。
澎湖選委會晚間公佈有關第17案至第20案開票結果如下：
「第17案」：發出票數26,520張，投票率28.81％，同意13,112票、不同意13,109票。
「第18案」：發出票數26,519張，投票率28.81％，同意13,817票、不同意12,402票。
「第19案」：發出票數26,519張，投票率28.81％，同意13,569票、不同意12,667票。
「第20案」：發出票數26,519張，投票率28.81％，同意13,653票、不同意12,562票。