稅務局進一步說明，該農業使用證明書之作用係在證明申請土地在核發證明書時，所有權人及其擁有土地持分範圍確係作農業使用之證明。如所有權人及其土地持分範圍已有異動，則與原證明書所載內容不符，已不具證明力，縱使原證明書仍在有效期限6個月內，仍應重新申請證明書。
稅務局舉例說明，甲於109年10月取得農用證明書，並於同年11月申報將其權利持分全的農地贈與持分2分之1給長子乙，經核准並辦竣所有權移轉登記後，又於110年1月欲將剩餘持分2分之1農地贈與給次子丙，並持同一張證明書申請不課徵土地增值稅，雖該證明書仍在有效期限內，但於前次移轉後該土地所有權人及權利範圍已有變動為甲持分2分之1及乙持分2分之1，和原證明書所載之甲持分全已有不同，仍應另行申請與現況相符之農業用地作農業使用證明書，才符合不課徵土地增值稅之規定。
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