澎湖縣政府考量年齡與安排校園接種效益等因素，滿12歲的國小學生將依意願書增列接種名冊後，以通知單方式通知接種時間與地點，屆時請家長陪同前往施打。
澎湖各鄉市衛生所將於9月23日至10月8日到所轄各校接種疫苗，為避免學生接種後產生暈針等身體不適反應，縣府衛生局建議學校安排現場播放音樂、影片放鬆學生心情，並且避免在空腹及脫水的情況下接種疫苗。
若學生因接種疫苗產生身體不適，可向學校申請疫苗假，原則上以3天為原則，必要時可延長，不列入出缺席紀錄。此外，避免學生接種疫苗後單獨在家，學生家長亦可申請防疫照顧假。
澎湖縣政府提醒，接種BNT疫苗後，常見發生接種部位紅腫、疲倦、頭痛發燒等現象，以上不適反應約48小時後可舒緩。
請家長注意學生接種後狀況，若超48小時仍有發燒或嚴重過敏反應如胸痛、呼吸急促、心跳加速等症狀，應儘速自行就醫或通知消防局協助就醫並通報縣府衛生局。