為提供民眾海洋環境教育場域，澎湖南方四島國家公園東吉嶼與嶼坪遊客服務中心依容留數40人、嶼坪遊客休息室20人進行人流管制。但為加強離島地區疫情管控，申請進入特別景觀區進行海陸域環境教育活動與水域體驗活動，活動人數放寬為30人以下。海域遊憩區在可全程配戴口罩情況下，開放操作騎乘非動力器具之水域遊憩活動，如獨木舟、立式划槳等各類器具之活動。在非群聚情形、保持社交安全距離及活動前後配戴口罩下，可從事游泳、浮潛及潛水活動；業者帶客從事水域遊憩活動，應實施實聯制、量體溫、自主健康聲明、每週自主篩檢及記錄、工作人員名單造冊、器材清消等，並提供個人夾鏈袋或個人臨時置物櫃（或置物籃），供人員下水前收納口罩，於上岸需立即後戴上口罩，以減少感染風險；教練於教學或訓練時，應配戴防水口罩或面罩，帶客從事浮潛、水肺潛水及自由潛水，每人每次指導人數降載50%。
澎湖南方四島國家公園屬離島地區，請民眾來園區時，務必遵守各項防疫規範，包括全程戴口罩、不群聚、保持安全社交距離，也呼籲民眾及相關業者應自行考量能否符合防疫規定，再從事各項相關活動，如澎湖縣政府另有其它更嚴格的防疫管制或封閉措施，海管處將配合辦理，請民眾持續配合防疫措施，守護彼此健康。