航港局自109年起陸續發現部分漁船未經申請核准即擅自增建上層建築物，做為漁工休憩空間，考量航運安全及漁工人權，要求船主積極改正。惟值夏季魚汛，且配合防疫期間航安管制措施，致部分船主無暇辦理改正程序，航港局因此特別在法定範圍內，採行簡政便民程序積極輔導船主完成補正，讓漁船增建部分合法化，近期陸續依循輔導專案進行補正程序申請之漁船，所有案件皆順利進行。
航港局強調，目前列管上層建築增建之漁船約一百三十餘艘，將積極主動輔導船主利用下一波魚汛期前，儘速完成改正合法化程序；而澎湖漁民口耳訛傳有近千艘漁船將被管制出港乙事，係屬誤傳，目前未有增建漁船檢查不合格被本局禁止出港之情事。