針對未依規定訂定勤惰管理制度及抽查出勤部分，部澎於109年訂定衛生福利部澎湖醫院出勤管理注意事項，在未訂定前均參照衛福部員工出勤管理要點及衛福部抽查所屬機關(構)員工勤惰管理及辦公情形實計畫辦理，且於院務會議、員工大會及院網公告宣導，每月將各科員工加班時數陳報院方，加班時數異常科室，院長主動關懷並支持有效改善方案。
近3年離職率皆逾10%，2019年度總務室同仁服務年資平均僅6個月等，因醫院離職率含公費醫事人員服務期滿離院等，較一般行政機關高，108年7月新任總務主任履新後穩定總務室人事，110年全院離職率9%；總務室離職率為8.7%。
澎湖醫院將興建行政大樓提供行政人員有良好的工作環境外，也透過辦理各項職場健康促進活動，協助員工調節身心平衡，首長宣誓嚴禁職場霸凌，以鼓勵代替責備，員工接受到正向支持，間接提升員工對機關認同與向心力，服務績效正成長中，醫療品質也獲鄉親信任及好評。