賴峰偉縣長為防堵疫情，指示農漁局6月16日發布「公告本縣嚴重特殊性傳染肺炎之漁船返澎防疫措施」，結合衛生局、公共車船管理處、消防局、衛生福利部澎湖醫院、惠民醫院、海岸巡防單位、移民署澎湖專勤隊等單位，共同執行赴台交易魚貨返澎漁船船員快篩作業，每次快篩各單位皆合作無礙，也感謝漁船船長提前通報，方能儘速安排，節省快篩作業時間。
另為防堵大陸漁船越界捕魚、偷渡案件，避免造成防疫破口，第八海巡隊加強勤務作為，巡防艇擴大巡邏範圍，強力取締大陸漁船，倘有查獲違法並帶案押返案件，即與縣府聯合啟動檢疫措施，由縣府車船處派遣防疫專車，針對違法船舶上所有人員載往指定醫院執行快篩及PCR檢測，確認篩檢結果陰性後集中於留置處所管理，落實防堵疫情，請民眾放心。
農漁局再次呼籲，防疫工作人人有責，保護自己也保護別人，防疫關鍵時刻，請各方戮力合作，避免形成防疫破口。返澎漁船通報專線：06-9261145、0953-137227、0975-250639