航港局表示，船舶檢查部分，即日起至中央流行疫情指揮中心公告三級警戒結束止，未出港之船舶，延誤申請船舶定期檢查者，得免附未出港證明，即可免予裁罰；如果船舶所有人因疫情而居家檢疫、隔離等措施致無法申辦船舶檢查，放寬於管制措施解除後3個月內申請檢查，即免裁罰。
另外，針對提供基本民行及物資運送船舶，若船舶航行期限將屆又有出港的必要時，航港局可配合指派船舶檢查人員辦理檢查，但提醒船舶所有人於檢查時指派的現場陪檢人員以2人為限，並於檢查過程中，保持社交距離，以降低群聚傳染風險。相關申辦船舶檢查及停航民眾，航港局鼓勵多以線上或電話方式，以降低人與人間的接觸，落實防疫。
其次，配合三級疫情警戒期間，自110年5月15日起，暫停船員訓練機構及遊艇與動力小船駕駛訓練機構各項訓練。但為提供相關民眾與船員能於疫情期間訓練不中斷，在符合「航海人員訓練、發證及航行當值標準(STCW)國際公約」及確保訓練品質與量能的前提之下，開放船員訓練機構及遊艇與動力小船駕駛訓練機構針對學科課程辦理線上教學。
航港局表示，因應疫情期間訓練機構無法辦理實體訓練課程，為了保障船員順利任職，航運產業持續運作，針對船員證書到期的船員，已先提供航商協助船員申請證書展延服務。另為避免疫情趨緩後，因應短期內大量船員訓練需求，將造成訓練機構負擔，因此研議開放訓練機構線上教學，同時為確保各式訓練如質執行，特別訂定「交通部航港局因應嚴重特殊傳染性肺炎影響辦理船員專業訓練及遊艇與動力小船駕駛訓練線上教學原則」，作為訓練機構實施訓練學科線上教學的執行原則。未來船員可先行完成各式學科部分線上學習後，俟疫情和緩正常開課時，僅需補上實作訓練部分，並經評估合格後，即可核發相關證書。至於遊艇與動力小船駕駛訓練，亦可先進行學科線上教學，並於日後補足術科訓練時數後，即可由駕駛訓練機構核發結訓證書。
此外，為配合國家防疫政策，確保當前醫療量能，考量目前教學醫院或公立醫院門診營運降載，航港局針對三級警戒期間營業用動力小船駕駛執照有效期間屆滿者，可展延至全國各地三級以上警戒防疫規定均解除後6個月內完成換發，視同未逾期。
航港局表示，針對疫情期間船舶檢查、船員訓練及駕駛監理的各項便民或管制措施，是希望提供民眾更便捷的服務，同時降低疫情擴散的風險，未來航港局會持續視疫情發展滾動檢討相關便民措施，以提供民眾更安全便捷的服務，相關訊息請隨時留意航港局全球資訊網( https://www.motcmpb.gov.tw/ ) ，以掌握最新消息。