影響所及，國土分區內除都市計畫及國家公園範圍仍分別依照都市計畫法及國家公園法辦理外，現行非都市土地11種使用分區及19種使用地管制也分別由四大國土功能分區及其容許使用規定取代(如附圖)，而佔本縣非都市土地最大宗的一般農業區，有符合規定得劃入其它功能分區之條件外，一般農業區未來將以劃設農業發展地區為原則。目前縣府由建設處城鄉發展科擬定澎湖縣國土計畫及鄉村地區整體規劃，財政處土地開發科辦理劃設國土功能分區圖作業，民眾如有相關疑問可分別向主辦單位詢問。
澎湖縣國土計畫經109年2月經本縣國土計畫審查通過提報內政部國土計畫審查委員會，於109年9月14日內政部國土計畫審議會(以下簡稱國審會)修正通過，本府於110年4月30日公告澎湖縣國土計畫，公告期間至110年7月29日止，目前仍公告期間，民眾除了可以到建設設處閱覽，亦可至建設處網站最新消息下載，網址為https://www.penghu.gov.tw/economic/home.jsp?id=117。