5/31機場快篩入境航班計8班次合計352人，快篩215人，（含軍機4人）篩檢率61%，全數陰性。
澎湖縣政府表示，立法院審理紓困條例修正法案，31日黨團協商達成附帶決議共識，為避免離島醫療網因新冠病毒入侵而崩潰，中央疫情指揮中心有責任協助離島將新冠病毒阻絕於金馬澎之外，因此要求中央疫情指揮中心針對通往離島之本島機場及港口於紓困條例修正案通過後一週內設置快篩站，對進入離島民眾進行全面篩檢。
澎湖縣政府發言人陳其育表示，今天立法院附帶決議，一週內所有從台灣本島搭機、船的旅客，在機場、港口要全面快篩才能入境離島，對於這樣的決議縣府表示感謝與支持。
陳其育指出，中央流行疫情指揮中心公布的飛離島5機場設立篩檢站流程中，並未落實立法院的決議，縣府表示遺憾。縣府希望中央流行疫情指揮中心應遵照立法院的決議，在一週內落實台灣本島的機場、港口設置快篩站，並全面對所有旅客進行快篩，快篩結果陰性才能入境離島地區，以確保離島資源不會受到疫情而癱瘓。
在中央實施全面快篩前，縣府決定從6月1日起，對所有入境澎湖的旅客進行全面快篩，如果旅客拒絕快篩，將依立法院的附帶決議、及傳染病防治法授與地方政府所公告的檢疫措施，罰鍰3,000至1萬5,000元。