本縣因無長流河川，且降雨量不穩定、乾枯季分明的環境下，更凸顯出水庫的重要性。其中，因集水區內非法放牧牛隻及農業使用的肥料與農藥過多，殘留於農地中的化肥及牛糞可能因逕流沖刷等方式流入集水區內，影響水庫水質；另外在營建工地部分，偶有業者於流動廁所私接管線將污水放流至公溝，上述污染行為不但造成水庫水質惡化，且間接影響到供水的成本和穩定。
環保局表示，針對集水區中可能造成水庫之污染源，將交由各單位分工合作，在環保局權責部分包括無磷清潔劑之宣導推廣、集水區非點源污染巡查；在自來水公司方面，掌理非點源現地處理設施之操作維護、水庫底泥清淤、雜草清除及集水區巡查等水源控管項目；在工務處部分，包括集水區內雨污分流、截流系統設置，溝渠維護管理及水資源回收中心運作等業務；在建設處、農漁局、旅遊處則分別配合營建工地、農牧行為、推動低磷洗劑作宣導及勸導。
環保局指出，珍惜保護水資源人人有責，期盼能在政府和民眾的配合下，逐步提升水環境的品質。同時為維護澎湖縣水環境，民眾若發現廢水非法排放等污染情事，請撥打全國免付費公害陳情專線0800-066-666或縣民服務專線1999檢舉，環保局將派員盡速前往處理，以維護本縣水環境潔淨。
