針對這一波遊客退訂潮，澎湖多數旅行社及旅宿業者考量疫情特殊狀況，均表達友善與誠意，對5月15日至5月28日這段期間的退訂案件，依照交通部觀光局之定型化契約第13條（出發前有法定原因解除契約）或第14條（出發前有客觀風險事由解除契約）規定，配合從寬處理，依照事實扣除必要費用後同意餘額退費或僅酌收操作手續費之費用。
然有部分旅客反映退團後，旅行業者卻有無法全額退費等情形，據了解為台灣（組團）旅行社與消費者間衍生的退費問題，台灣（組團）旅行社因與澎湖旅宿業者間訂有商業契約，此商業合作非交通部觀光局規範之範疇（非定型化契約），因取消訂單所衍生之費用轉嫁由消費者負擔，而引發消費者反彈。
對此，旅遊處表示，業者商業合作於雙方簽約時已將風險、利潤等各種因素納入考量，消費者向旅行社購買旅遊行程所發生之退費應由旅行社處理，籲請旅行社與合作旅宿業者雙方秉持誠信長期合作原則，共體時艱，從善如流，雙方均能達成共識。旅遊處長陳美齡也主動聯繫本縣旅館公會鄭理事長，除表達尊重市場機制，也請公會轉知會各員，配合疫情特殊情形，建請旅宿業者與旅行社妥善溝通、從寬認定處理退費問題。
若有消費爭議，消費者可檢具相關資料先向中華民國旅行業品質保障協會（02-25995088）申訴調處，若調處不成得向交通部觀光局申訴處理。
由於疫情持續延燒，國內本土案例激增，疫情指揮中心19日公布提升全台為3級警戒至5月28日，縣府除積極監控疫情發展，做好各項防疫作為，也配合中央最新防疫政策滾動式修正公布訊息，相關旅遊業之最新措施，旅遊處也會持續關注交通部觀光局公告訊息，提供最新退費相關規定。