澎湖縣環保局人員亦於13日起備妥機具帶領防疫消毒大隊人員，首先前往南海候船室、石滬廣場、南海碼頭周邊及遊客中心等區域執行第一階段消毒工作，並預定於同日下午前往本縣北辰市場候車亭、公共車船管理處候車總站、文化局候亭及漁市場等群眾聚集場所執行消毒作業，同時並籲請各鄉市公所清潔隊排定群眾聚集場所配合執行消毒作業。
本縣環保局在此呼籲為能有效防堵本縣疫情出現漏洞，請本縣大型營業場所、大眾運輸業者、社區管理委員會、各公廁管理單位，務必定時定期進行內部場所消毒，包括人員經常接觸的手扶梯、健身器材、遊樂設施、桌椅、電話筒等，以及浴廁水龍頭、廁所門把、馬桶蓋及沖水握把，應有專責人員定期清潔，每天至少消毒一次，若人數眾多且頻繁出入，可適度提高消毒頻率，以防止疫情發生並擴散，共同確保本縣人民身體安全健康。
