環保局指出，近年來水庫水質水量保護區內住宅快速增加，導致生活污水激增，污水中的磷也造成水體植物營養物質過多，引起藻類及浮游生物大量繁殖，使水體含氧量下降而趨向優養化，並增加水庫原水後續處理之成本的主要原因。
為避免生活污水流入水庫影響水質，縣府於水庫水質水量保護區內，建設雨污分流系統、佈設專用污水管及污水陰井等作業；環保局亦設置現地處理設施、推動畜牧糞尿資源化利用等，致力於成功、興仁、東衛水庫水質水量保護區內，積極宣導推動社區、餐飲民宿業，使用具有環保標章認證之無(低)磷洗潔劑減少磷流入水庫中，以源頭減量，來改善水庫水質優養化情形。
除此之外，珍惜、保護水資源人人有責，環保局鼓勵大家選擇具有「環保標章」(圖案是「一片綠色的樹葉，包裹著純淨而且不受污染的地球」)產品來使用，除了可以達到日常清潔使用的目的之外，並可避免水體遭受污染。
為維護澎湖縣水環境，環保局邀請鄉親若發現廢水任意排放情事，請撥打全國免付費公害陳情專線0800-066-666或縣民服務專線1999，環保局將派員盡速前往處理，以維護本縣水環境潔淨。