依水利法第28條規定:「水權之登記，應向直轄市、縣(市)政府主管機關為之。」，另依水利法第46條第2項規定：「未經主管機關核准而擅行施工之水利建造物，主管機關得令其更改或拆除」，並得依水利法第93條規定：「違反水利法或主管機關依法所發有關水利管理命令，而擅行或妨礙取水、用水或排水者，處四千元以上二萬元以下罰鍰。」。
另外，本縣為離島，淡水資源為離島珍貴的寶藏，如已申請核准使用之水井水權，請務必依核准之使用計畫辦理，並依規申報地下水抽取量，切勿違規超抽地下水，縣府呼籲民眾一起珍惜水資源，為離島的資源永續盡一份心力。